Il primo intervento del S. Uffizio si ebbe il 2 giugno 1922. Riportiamo solo alcune parti più importanti di questo primo intervento:«Si ritiene necessario che intorno al Padre Pio si sti in osservazione; che si evitino ogni singolarità e rumore intorno alla sua persona; che non celebri la santa messa ad ora fissa, ma a qualunque ora, a preferenza summo mane (al mattino presto) ed in privato; che non dia benedizione al popolo; che in nessun modo mostri le cosiddette stimmate; […] Inoltre si giudica opportuno che Padre Pio abbia un altro direttore spirituale diverso da p. Benedetto da S. Marco in Lamis, col quale ultimo egli interromperà ogni comunicazione anche epistolare. ...

Per l’esatta esecuzione di questi ordini sarebbe necessario che Padre Pio fosse allontanato da Sn Giovanni Rotondo e collocato in un altro luogo fuori della provincia religiosa, per esempio in un convento dell’alta Italia, col desiderio che tale trasporto fosse effettuato subito; tuttavia, poiché qualche difficoltà di ordine locale potrebbe opporsi a tale immediato allontanamento, si procuri almeno di preparare la cosa in modo da trovarsi quanto prima in grado di compierla.

Si ordina che da parte di Padre Pio, o di altri per lui, non si risponda più a quelle lettere che gli vengono indirizzate da persone devote per consigli, per grazia o per altri favori».

Da una prima immediata lettura emerge subito una chiara scelta da parte del tribunale di limitare in qualsiasi modo ed in maniera tempestiva il rapporto di padre Pio con i fedeli e con il suo padre spirituale, che nella relazione di padre Gemelli veniva visto come uno dei maggiori sostenitori del frate e addirittura proprio responsabile di tutto l’”imbroglio”. Degna di nota fu la reazione di p. Benedetto che per primo diede esempio di sottomissione e obbedienza alla Chiesa, troncando ogni rapporto con p. Pio, non senza dolore da parte di entrambi.

L’8 agosto del 1923 durante la notte p. Pio viene informato dal vicario provinciale, p. Luigi d’Avellino, di doversi trasferire ad Ancona. “Chinato il capo e con le braccia conserte disse: «Eccomi a sua disposizione; partiamo subito. Quando sono con il superiore son con Dio». P. Luigi domandò: «Ma verresti subito con me? È notte inoltrata, dove andiamo?». Ed il santo: «Non so. Vengo con lei, quando e dove vuole vostra paternità».

Lo stesso p. Pio ebbe a scrivere al padre provinciale p. Pietro da Ischitella, sulla sua volontà di obbedire alle disposizioni sul suo spostamento. Il 10 agosto così scriveva: «Non so cosa crederanno fare di me i miei superiori, in quale comunità religiosa vorranno mandarmi. Io quale figlio divoto della santa ubbidienza, per quanto dipenda da me, ubbidirò se aprir bocca».

Successivamente, il 17 agosto 1923, dall’alto viene rimandata la rimozione del nostro santo.

Fatto significativo è che il 15 aprile del 1924, viene esautorato il vicario provinciale p. Luigi d’Avellino e sostituito da p. Bernardo d’Alpicella , in qualità di Commissario Generale, il quale, secondo i superiori di Roma, avrebbe avuto meno preconcetti e più energia per risolvere la questione di padre Pio. I preconcetti, su cui si fa riferimento, sono la stima che i confratelli nutrivano nei confronti del nostro santo e l’aspetto con il quale lo circondavano; preconcetti, questi, che secondo Roma erano di ostacolo all’esecuzione delle disposizioni di cui abbiamo precedentemente parlato.

  Il commissario Padre Bernardo d’Alpicella sale per la prima volta a  S. Giovanni Rotondo il 7 maggio 1924, per incontrare i frati,  il quale diede «a tutti l’impressione di un superiore di cuore ed un religioso di pietà». Di sicuro le cose cambiarono, nel cuore e nella mente, di padre Bernardo dopo l’incontro che ebbe con l’arcivescovo mons. Gagliardi che gli aveva riferito “alcune notizie, che certamente cominciarono a fargli perdere la serenità”.  Di questa visita, ne parla  anche la Cronistoria del convento, annotando: «Ecco la relazione del  colloquio privato. Monsignore, con aria di grande rammarico, disse di dover portare una grande responsabilità davanti a Dio per aver autorizzato alla  confessione il padre Pio; e di più (aggiunse) che nel 1920, trovandosi a San Giovanni Rotondo in S. Visita, il giorno che fu ospitato in convento, egli avrebbe sorpreso nella stanza il padre Pio che si incipriava  e si imbellettava». Dobbiamo annotare, però, che dalle fonti e anche dai testimoni, mons. Gagliardi, nel giorno in cui fu ospitato al convento, non ebbe mai la possibilità di incontrare il nostro santo in camera sua, ma solo negli altri ambienti del convento. Pertanto, ci sembra strano che possa aver visto padre Pio incipriarsi e imbellettarsi, e se questo ci sembra strano, di sicuro, è  sono ancora più strano i motivi che portarono l’arcivescovo a dare una testimonianza del genere. Ad ogni modo, qualunque sia stato il motivo di una tale scelta, sappiamo che padre Benedetto cominciò ad avere uno sguardo diverso su padre Pio. Per questo motivo, non ci devono sorprendere i toni, che il padre commissario, userà in una lettera inviata a padre Pio, che sembra doveroso portarne integralmente il testo, perché dopo questa data ci saranno ulteriori e più gravi restrizioni per il nostro santo.

La lettera è datata 22 aprile 1925 e recitava così:

«Carissimo padre Pio, l’invio la presente per il che ho  saputo chi si continua da codesto paese inviar lettere anonime  a Manfredonia, punto rispettose verso l’autorità, e che qualche scrivente frequenta cotesta nostra chiesa e viene da  Vostra Paternità a confessarsi. V’è  pure chi nota a puntino ciò che avviene  in cotesta  nostra chiesa e luoghi annessi  e ne riferisce poi il tutto all’arcivescovo di Manfredonia e questi a sua volta al Sant’Uffizio. So che presto da Manfredonia verrà spedito a Roma un  plico  contenente ogni cosa colà  inviata.

Perciò è mio fermo volere che V.P. da  qui avanti, non si presenti più a nessuna persona attendente, per parlare, in sacrestia, foresteria e corridoio che mette in porteria, sia pure che venga,  tale persona, da lontano.  Tanto meno poi  se sono di cotesto  paese o dei paesi circonvicini. Anzi, trattandosi di coteste sangiovannare, sarebbe bene, potendo, bellamente sottraesene: non deve confessasse neppure! Chè son sempre coteste benedette pinzochere che apportano con la loro tagliente lingua ed eccessive e malintese devozioni… un mondo di guai.

Lei attenda, in modo speciale, a confessare uomini.  In chiesa a confessare donne vada meno che può!  Così è  mio fermo volere che dopo aver confessato, non si vede mai a parlare con le stesse persone confessate, né in confessionale né fuori confessionale, ma subito si porti direttamente alla propria cella. In confessionale deve fermarsi solo quanto tempo è necessario per la pensione e non più.

Così da qui innanzi, terminata la S. Messa e tolti i sacri paramenti, senza fermarsi a parlare con nessuno, né a nessuno dando a baciare la mano, si porterà a fare il ringraziamento in coro. Chè, “è interesse dell’Ordine arrivare quanto prima alla sistemazione definitiva di cotesta anormalità di cose”.  E ciò  dipende specialmente da V.P.!

Io prevedo che se, tali misure non le prendiamo spontaneamente da noi, ci verranno, tosto  o tardi, imposte da Roma. Anzi prevedo che Roma sarà, questa volta severissima! Però da Roma nulla è giunto al riguardo.

Ciò che ho detto, l’ho detto sponte (spontaneamente) prevedendo, senz’essere  profeta, per il futuro!

 Lei obbedisca, come sempre, senza nessuna epicheia ai  presenti ordini e l’assicuro che farà cosa graditissima ai Superiori e utilissima all’Ordine intero!

Creda, o Padre carissimo, che Dio lo vuole!

AugurandoLe con tutto il cuore ogni bene, mi dico suo aff.mo confratello in San Francesco.

                                                 Fra. Bernardo d’Alpicella-Comm G.C.».

Da quanto letto, se volessimo trovare i motivi reali che possono spingere un commissario a prendere seri provvedimenti nei confronti di un frate, rimarremmo delusi e disorientati. L’unica cosa che sembra emergere tra le righe è la forte paura che p. Bernardo ha nei confronti dell’autorità romana, e questo lo spinge ad essere molto severo e prudente nei confronti del nostro. Immaginiamo, quanto dolore e sofferenza nel cuore dal santo, a causa di disposizioni che lo limitavano nel suo ministero di portare le anime a Dio. È bello notare, come in questo mistero di dolore e di amore, egli (padre Pio) non ha smesso mai di sperare, di pregare e di avere una santa venerazione ed obbedienza nei confronti dei superiori, anche di quelli che erano causa di sofferenza. Per avere una percezione di quanto detto, possiamo leggere la lettera che fu inviato dal santo in occasione del natale del 1925.

Padre Pio così scriveva a p. Bernardo d’Alpicella:

«Mio carissimo padre, Gesù regni sempre sovrano sul vostro cuore, vi riempia e ricolmi di tutte le sue divine tenerezze e di vi renda sempre più degno del santo Paradiso. Ecco la sintesi di tutti i miei voti che sempre vado facendo a Gesù per voi, e che con più slancio e fervore mi riprometto di farli in questi giorni dinanzi a Gesù Bambino. Piaccia a lui esaudirli. E voi, mio amatissimo padre, accertateli, conoscendo da qual cuore partano e da quanta sincerità siano accompagnati.

Lascio immaginare a voi quale balsamo abbiano apportato al mio cuore ulcerato e straziato i vostri auguri fattimi. Ho letto la vostra letterina dinanzi a Gesù Sacramentato e lui solo sa quante lacrime ho versate. Ma che lacrime erano? Non so dirlo se erano di gioia o di dolore. Certo si è che mi sono sentito non poco rinfrancato.

 Era da ieri sera che il mio spirito si sentiva solo, completamente solo, accompagnato da una tale intima convinzione, contro la mia volontà, di essere stato abbandonato da tutti. Invano mi sforzo di fare atti di uniformità a Dio, invano a Lui ricorrevo. Tutto taceva: tutto-non escluso il cielo istesso-per me era diventato di bronzo. Ho sofferto un mezzo interno: dico mezzo, perché in mezzo a sì straziante martirio non mi sentivo ancora del tutto disperato.

Ecco quanto spesso mi va succedendo da qualche tempo in qua. Sento vivo il bisogno di una vera, sincera ed intima conversione a Dio, e non so da dove e come cominciare. Ecco quanto assiduamente vado chiedendo a Gesù: la mia conversione; se sono in sua disgrazia, me lo faccia chiaramente intendere e non soltanto supporre ed intravedere, perché in questo modo io non comprendo ma è niente in molto meno risolvermi a fare qualcosa. Io voglio salvarmi a tutti i costi a dispetto di satana. Pregatemi anche voi a questo fine e dite a Gesù che porga benigno l’orecchio agli ingenti, agli strazianti sospiri del mio cuore.

Sono spiacentissimo sapervi tutto sofferente a fo voti a Gesù che presto vi faccia guarire. Io in salute fisica sto discretamente bene, ne siano rese grazie infinite a Gesù. Mi compiaccio sentire l’amatissimo p. Gaetano sollevato e ringiovanito. Salutatemelo certamente e ditegli che assiduamente io lo presento a Gesù.

Vi abbraccio con filiale affetto e mi dico tutto vostro in Gesù.

                                                                    P. Pio cappuccino».

Una lettera scritta col cuore e che tocca il cuore di chi la legge; una lettera che non lascia indifferenti e che mostra, oltre alle sofferenze fisiche e morali del padre, anche la sua sensibilità spirituale, che lo porta ad avere sentimenti di spiccato affetto nei confronti di un padre superiore, anche se questo padre al momento lo sta percuotendo. Come è difficile per noi, permeati di peccato e superbia, immaginarci al posto del padre a pregare, offrire e perdonare chi gli stava facendo tanto male. È di sicuro questa un’ulteriore prova di quanto la preghiera, quel dialogo fatto di “cuore a Cuore” gli dava una forza straordinaria, che è riservato a tutti coloro che sono decisi a scalare le vette della santità, arrivando a dire con il salmista «Come la cerva anela ai corsi d’acqua, così l’anima mia anela a te, o Dio. L’anima mia ha sete di Dio, del Dio vivente: quando verrò e vedrò il volto di Dio?», e con san Paolo: «non sono più io che vivo, ma Cristo vive in me! La vita che vivo ora nella carne, la vivo nella fede nel Figlio di Dio il quale mi ha amato e ha dato se stesso per me».

Le cose peggiorarono sempre di più e altri provvedimenti e restrizioni furono presi nei suoi riguardi. Nel 1931, dopo che era stato deposto l’arcivescovo di Manfredonia mons. Gagliardi ed esservi succeduto mons. Alessandro Macchi in qualità di amministratore apostolico, possiamo notare che p. Pio sarà colpito con maggiore veemenza dal S. Uffizio. Difatti, la sera del 9 giugno 1929 al padre gli fu consegnata una lettera proveniente da Roma, nella quale gli venivano tolte le facoltà ministeriali. P. Pio poteva celebrare la S. Messa solo ed esclusivamente in una cappella interna del convento e con un solo inserviente, senza nessun fedele. A questa, già tanto forte decisione, va aggiunto il divieto di confessare sia i fedeli che i religiosi. La reazione del padre fu quella solita di rimettersi nelle mani dei superiori e mai lamentarsi. Fu così, che la mattina se ne stava dalle due alle tre ore nella cappellina interna della clausura a celebrare la S. Messa. Per tentare di capire cosa vivesse interiormente dobbiamo rifarci al diario di P. Agostino di S. Marco in Lamis, il quale riporta l’incontro avvenuto tra lui e padre Pio il primo luglio del 1931.

Padre Agostino così afferma:

«Trovai il Padre molto abbattuto. Appena fummo nella cella, si mise a piangere. Io mi commossi, ma potei frenare la mia commozione e lo lascia piangere per alcuni minuti.

Dopo parlammo. Il caro Padre mi disse che sentiva profondamente la prova inaspettata. Lo consolai come potei e gli dissi che bisognava ubbidire a puntino. Mi ricordai che molti anni fa egli aveva detto che quasi tutti i suoi confidenti e quelli che gli volevano bene l’avrebbero abbandonato senza loro colpa.

«Ecco -gli dissi- arrivato il tempo! E tu devi sottostare alla prova e tutti continueranno a volerti bene, anzi accresceranno per te il loro amore».

«Ma non credevo -mi rispose- che fosse questo l’avveramento».

«È proprio questo –soggiunsi-. Gesù così vuole; e fiat. Tu devi continuare a stare in croce; gli uomini continueranno a ribadire i chiodi…; e tutto riuscirà per la gloria di Dio ed il bene delle anime».

«Ma proprio per le anime –disse- sento dolore».

«Tu continuerai a pregare ed a soffrire per le anime, e Gesù potrà salvarne tante, anche senza il tuo ministero, ma solo accettando le tue sofferenze».

Così il padre si confortò».